肛周脓肿的主要症状是肛门疼痛，这种疼痛是持续性的，与大便无关，疼痛剧烈时坐卧不安，食欲不振，同时有的患者会发现肛门周围有肿块，或伴有排便困难等症状。得了本病多有不同程度发烧，白细胞增高，发烧和白细胞增高的程度标志脓肿的深浅和范围的大小。

肛周浅部脓肿一般好识别，但对深部脓肿，由于只以发烧为主，而肛门疼痛不明显，有时容易误诊。这种患者局部表现的不是疼痛，而是肛门直肠坠胀，便意频，容易被忽视。南宁医博（原肛泰）肛肠医院曾会诊一例患者，持续高烧不退，在急诊室被当作上感抗炎治疗，家属在给患者擦身时发现肛周皮肤发黑，才要求会诊。

当时患者已处于浅昏迷状态，检查后诊为直肠骨盆间隙脓肿，因未及时手术，已造成全身脓毒血症。当即予以手术切开排脓，调整抗炎药物，使病情逐渐好转，以后通过再次手术而治愈。